荷蘭人在新任長官宋克(Maarten Sonck)的帶領下,在1624年間,拆除了澎湖東南的風櫃尾城,並在明廷、甲必丹支那李旦的引領下,前往了當時不屬於明朝領土的臺灣本島,在1628年解決濱田彌兵衛事件、解決日荷貿易之間的問題後,荷蘭人基本確定占領了臺灣的西南沿岸,荷蘭人在之前的首選地是澎湖,以解決在荷西戰爭後在東亞海域相互競爭,在取得澎湖不遂後,在臺灣重新建立起貿易,此時的荷蘭貿易對象當然是以中國的明朝為主,並積極進口中國的陶瓷、生絲,荷蘭人在臺灣本島的支出與收入便是一個重要的課題,畢竟舊帝國主義時代(Old Imperialism)的殖民地主要是以占據貿易據點為主,而非覬覦當地的原物料進行直接侵略,所以荷領臺灣的主要收入就是貿易,而支出則主要體現在殖民地的治安維持上。
在經營的初期,除了臺灣西南的原生住民如西拉雅人外,從風櫃尾城運來的物料,建築工人,警衛人員都需要薪資支付,荷蘭的貨幣單位荷蘭盾(Dutch guilder或譯佛羅林Florijn)來計算,守備兵的花費包含了食物、雜費(可能包含了武器裝備、如火槍的維護)在1628年大約就要19740佛羅林,而新殖民地在建立時仰賴鄰近殖民地的援助,故在此期大約仰賴於如巴達維亞此較成熟的殖民地援助之。除了軍事維持費外,新的城鎮的建立也是一筆大開銷,熱蘭遮城(Zeelandia)的花費多達130,000佛羅林,而實際花費則到了40萬佛羅林,在郭懷一起事後,又在興建普羅民遮城(Provintia)。
領臺之初,基礎建設不足,故雖然新殖民地仰賴巴達維亞方面的資助外,也就近尋求鄰近的人力市場,尤其是漢人工人,築城的材料如石灰多為中國運來,這些材料包含了煉瓦,石灰,木材、釘子、鐵具。軍人的人數在1640到1650年代間,大約700~1000名左右,一般的兵卒ㄧ個月大約有9佛羅林的薪資,這些士兵除了維護治安外,還需要掃蕩鄰近的原住民部族,1635年的遠征討伐麻豆社,1636年的蕭壠社,總計的費用達到了129,439佛羅林,此後一直到鄭成功封鎖貿易前,荷蘭治下的臺灣基本已無赤字。
總而言之,臺灣在荷蘭人來到前,並不是像印尼的巴達維亞或明朝的澎湖已經有人為開發的跡象,以及建設初期的花費,使臺灣在初期赤字的情況明顯,但在荷蘭人的經營下,南部臺灣已經有相當程度的開發,在長官如弗朗索瓦·卡隆(Francois Caron)的帶領下開拓疆土,使1662年前,臺灣已經是荷蘭東印度公司重要的貿易重鎮。