很久很久以前，在世界還未形成之時，有一條擁有強大力量的龍，它因為過于寂寞決定創(chuàng)造世界，但是創(chuàng)造世界需要的力量過于龐大，導致龍耗盡力量死去，死前它最后的創(chuàng)世之力化為源數(shù)代碼，眼淚化為月球，本體成為了開啟創(chuàng)世之力的鑰匙-No.100 源數(shù)龍。

        時間過去了很久，世界逐漸分為兩個次元-人類世界和星光體世界，星光體世界相對于人類世界來說是高階的世界，由能量構成，只有被選中的靈魂才能進入星光界，類似于天堂。之后，星光體世界為了追求更加高階的境界，拋棄了混沌(chaos)的存在，追求不斷升階，被拋棄的混沌組成了巴利安世界。隨著星光界不斷的升階，巴利安世界愈發(fā)強大，星光界卻由于混沌的缺失不斷衰弱。終于，星光界與巴利安世界的戰(zhàn)斗開始了，巴利安世界的首領-上千主上，與星光界的使者-Astral展開了戰(zhàn)斗，最后Astral取得了勝利，將上千主上成功封印，并將上千主上的力量分成七份，用七張No.卡鎮(zhèn)壓。但是Astral在這場戰(zhàn)斗中也損失慘重，自己的一部分被轟開進入了人類世界，而上千主上的一部分(混沌)進入了Astral的體內(nèi)。

        上千主上并不甘心就這樣被封印，他想方設法想要脫出禁錮。經(jīng)過了很長時間，封印松動，他很小一部分力量泄露了出來，化作人形，開始在人類世界活動。此時，作為封印的七張No.卡隨著時間流逝輾轉到了七位不同人類的手中，并因為他們的靈魂本質而呈現(xiàn)不同的樣子(印卡)。上千主上通過直接或者間接的影響，使這七位擁有高貴靈魂的人類墮入黑暗，成為了巴利安七皇，繼續(xù)對抗星光界，并等待著自己復活的時機。巴利安七皇可以說是繼承了上千主上的力量，擁有著超百No.101~107作為王牌，還有升階魔法巴利安之力，實力十分強大。但是，在經(jīng)過了那場遠古大戰(zhàn)之后，巴利安世界與星光界無法直接互相干涉，這也就意味著巴利安界與星光界的較量只能通過人類世界間接進行。此時人類世界對異世界的研究也有了進展，菲卡博士、拜隆博士、冒險家九十九一馬組成隊伍探索異世界，菲卡博士卻在異次元之門反水，將拜隆和一馬獻祭，打開了異次元之門與巴利安交流，并獲得了巴利安的力量給了陽斗，讓陽斗續(xù)命并攻擊星光界，還組成了銀河眼卡組給快斗使用。被獻祭的拜隆和一馬則分別進入了巴利安界與星光界。

        雖然說巴利安界對星光界的戰(zhàn)爭一致對外，但是內(nèi)部其實還是有著不和諧。七皇中的貝庫塔和納修，關系就一直不好。兩人的前世就有非常深的過節(jié)，成為七皇后依然互相不對付。貝庫塔生性狡詐，用計綁架梅拉古，讓納修和梅拉古一同死亡。幸好納修前世的海神保存了兩人的靈魂，讓二人投身進人類世界，進入了發(fā)生車禍剛剛死亡的神代兩兄妹體內(nèi)，作為人類繼續(xù)活著。

        再來說說Astral分裂出的殘魂吧。這魂魄被投入了人類世界，經(jīng)過了很長時間，成為了人類，投胎到了九十九一家，成為了九十九游馬(主角)。一馬一開始并不知道他們兒子的身份，直到一次極地探險，一馬不慎墜崖，卻意外進入了星光界，遇見了Astral，并看見了那場遠古大戰(zhàn)，知道了事情的來龍去脈，也知道了自己兒子是Astral的分身，并得到了皇之鍵。之后一馬生還，并全身心投入到對異次元世界以及與其相關的遺跡的探索中，直到被菲卡獻祭。

        此時，星光界一直被來自人類世界的菲卡博士攻擊。為了消滅巴利安世界，星光界作下決斷——派遣Astral前往人類世界，尋找源數(shù)代碼，消滅巴利安世界。但是，九十九一馬修改了Astral進入人類世界的參數(shù)，以皇之鍵為坐標，讓Astral與游馬相撞，使Astral的力量與記憶分成No.卡四處飛散。

        就這樣，zexal的故事，開始了。