新中國成立初期，一場「鎮反」運動在全國轟轟烈烈地展開，「殺、關、管」三管齊下。

由於殺人批準權力下放，有的地方出現了亂捕亂殺現象。查樹勳因為兒子在香港，自然被扣上有「海外關係」的帽子，連同不法地主罪名一併審查。

不久，查樹勳被列入「管」的名單。

1951年1月後，從上到下捕殺反革命分子的進度加快，他被升格為「關」的對象。

鎮壓人員組織村裡人揭發其罪行，可他一貫行善積德，對村民友好，且年年資助窮人，所以沒有一個人控訴他。

最後鄰村一個殘匪揭發他窩藏槍支。於是，他進入「殺」的名單。給他羅織的罪名有抗糧、窩藏土匪、圖謀殺害幹部等。

其實，「抗糧」是謬誤。新中國成立後，人民政府徵收公糧，因為糧食在佃農手裡，佃農自己交了，查樹勳家所交的糧就少了。

至於「窩藏土匪」，指的是顧秀英弟弟（浙南山區殘匪）曾在其家躲藏了幾天。「圖謀殺害幹部」指的是那支手槍招來的莫須有的罪名。

許多年後，金庸大妹查良琇說出了那支手槍的真相：

繼母顧秀英弟弟在1949年新中國成立前夕，將一支手槍偷偷藏在姐姐家後院的糧庫內。這事查樹勳夫婦並不知曉，壓根就沒見過。不料，顧秀英弟弟把此事泄露給自己的同道。

1951年4月26日，查樹勳被從監獄裡拉出來，對照姓名、照片後，不換衣服，不賞酒飯，五花大綁甩上刑車，即開向袁花鎮查樹勳所辦的龍頭閣小學的操場。到達操場後，4人一批，立即槍斃。

金庸繼母事後才知道消息，強忍淚水來收屍，只見丈夫橫屍操場邊的田埂上，身下一灘血。

妻兒們把遺體拉回家，連夜掩埋，不敢留有墳頭。

顧秀英堅信丈夫是無辜的，在丈夫死後的30多年裡，多方申訴，為其平反而奔走。

1981年7月18日，鄧小平會見金庸，向金庸道歉，微笑著說：「團結起來向前看！」

金庸點點頭，說：「人入黃泉不能復生，算了吧！」


鄧小平接見金庸之後，浙江省海寧縣委、縣政府與嘉興市委統戰部、市僑辦聯合組織調查組，對金庸之父查樹勳的案件進行了複查，發現是件錯案冤案，遂由海寧縣人民法院撤銷原判，宣告查樹勳無罪，給予平反昭雪。

1985年7月23日，海寧縣人民法院就查樹勳重判案的《刑事判決書》云：

「原判認定查樹勳在解放後抗糧不交，窩藏士匪，圖謀殺害幹部以及造謠破壞等罪行，均失實。至於藏匿槍支一節，情節上與原判的認定有很大出入。

本庭認為，原判認定查樹勳不法地主罪的事實不能成立，判處查樹勳死刑屬錯殺。

經本院審判委員會討論，判決如下：撤銷海寧縣人民法庭一九五一年四月二十六日第134號刑事判決，告查樹勳無罪?！?br>
1951年，金庸的父親成為時代的犧牲品，1981年，鄧小平接見金庸，當面致歉－微信上的中國