在組成艦隊的時候，有18位帝國將官和20位同盟將官會有特殊旗艦。他們流亡去另一勢力的時候，會和其他將官一般只有「標準戰艦」作旗艦。不論旗艦部隊的艦種，都會有其對應的戰鬥畫面。

以下為帝國及同盟的旗艦一覽︰
以上用同一字母標示的旗艦，擁有相同的戰鬥畫面。另，尤里西斯的戰鬥畫面和一般的同盟「戰艦」(非「標準戰艦」)相同。

在「G4XTAC.EXE」檔案中，有這些旗艦的拉丁字母名字。在歐斯麥克(Ostmark)後，還列了「Masaru」和「Nakamura」。在結尾的設計人員列表中，這是其中一位遊戲程序師的名字。這兩字並沒有出現在對應的旗艦字串中，所以無法使用。


一般的艦艇資料可在「G4XCONST.DAT」找到，但這好像只影響情報選項中艦艇能力所顯示的數據，無法真正影響艦艇能力？至少，同盟的驅逐艦還是擁有如戰艦的300射程，而非艦艇能力所顯示的240。

位置︰0x1281 - 0014A0
16種艦艇 x 34 BYTE = 544 BYTE
勢力
種類
定額(2)
巡航速度(2)
防前(2)
防側(2)
防後(2)
兵工廠建設費(2)
兵工廠維持費(2)、遊戲中數值為此數除10
標準建造數(2)
光線炮種類
飛彈種類
光線炮門數(2)
飛彈門數(2)
飛彈搭載數(2)
艦幹艇搭載數(2)
物資承載數(2)
1回合物資消耗(2)
佔領效率(2)

光線炮和飛彈則是在緊接的48 BYTE = 6種 X 8 BYTE
種類
00
破壞力(2)
射程、遊戲中數值為此數乘2
闊度、遊戲中數值為此數乘2
名字首BYTE(2)