1683年的澎湖，東寧與滿清的水師在此進(jìn)行決戰(zhàn)，雖然當(dāng)時(shí)東寧在各方面都處於劣勢的狀態(tài)，但其水師經(jīng)歷過長年的征戰(zhàn)，驍勇善戰(zhàn)，舊曆6月16日清軍提督施瑯在進(jìn)佔(zhàn)八罩嶼後親率水師向媽宮港發(fā)動(dòng)進(jìn)攻，但在右武衛(wèi)將軍林陞的反擊下隨即遭到砲火殺傷(另一說法為被流彈擊斃)，清軍頓時(shí)陣腳大亂，只好倉皇撤退，並由興化總兵吳英代理指揮。

　　而總督劉國軒雖一度下令停止追擊，但得知施瑯陣亡之消息後，便決定主動(dòng)進(jìn)攻，由自己領(lǐng)中提督為中路，後勁鎮(zhèn)總兵劉明為左翼、左虎衛(wèi)江勝為右翼，於20日發(fā)動(dòng)總攻；在八罩嶼和清軍經(jīng)過八小時(shí)的激戰(zhàn)後，終將其擊潰之，平陽總兵朱天貴、海壇總兵林賢、金門總兵陳龍陣亡，代理指揮官吳英在提標(biāo)與興化鎮(zhèn)潰敗後自縊，銅山總兵陳昌、 廈門總兵楊嘉瑞則率清軍殘部於隔日撤出澎湖海域逃回福建。此役清軍大潰，萬餘人陣亡，數(shù)千人被俘，大勝的東寧死傷僅千餘人。滿清依靠鄭氏舊部所組建起來的新水師就此被摧毀，短期無力渡海侵?jǐn)_東寧。

　　滿清在水師提督施瑯戰(zhàn)死後，先前與施瑯爭權(quán)的福建總督姚啟聖便與東寧展開和談，同時(shí)也上奏康熙帝，其意思大概為：「臺(tái)灣只是小島，不值得大清浪費(fèi)力氣，且現(xiàn)在天下大勢已定，鄭家也明白恢復(fù)前朝已經(jīng)是不可能的事，所以只要招撫就會(huì)放棄反清復(fù)明了，但他們唯獨(dú)不同意剃髮易服，而我不敢答應(yīng)此事，因此請求皇帝裁示。」

　　而這便在清廷內(nèi)部引起爭論，康熙帝派員前往福建召開會(huì)議，聽取在前線處理東寧事務(wù)的福建官員之意見，其中包括福建巡撫金鋐、陸路提督萬正色，基本上都是一面倒的都支持和談之計(jì)，況且福建也經(jīng)歷長久的戰(zhàn)爭之禍與遷界令的影響，需要休生養(yǎng)息才是，因此康熙帝最後決定同意了仿朝鮮之例不剃髮易服的條件，但同時(shí)也要求鄭氏放棄明朝賜姓以及朱明宗室必須內(nèi)渡滿清，徹底斷絕朱明宗室復(fù)立之可能。

　　雖說不論是馮錫范、劉國軒、鄭聰都同意滿清和談，算是東寧上下的共識(shí)，但對於內(nèi)渡朱明宗室的要求卻引起不小爭論，馮錫範(fàn)、鄭聰以及若干文官則擔(dān)心是否會(huì)背負(fù)猶如「咒水之難」的罵名，因此相當(dāng)猶豫。而大功臣劉國軒對和談條件則無異議，但好不容易擋下清軍，製造了大好和談機(jī)會(huì)，可不能就這樣錯(cuò)失，因此前往拜訪魯王朱弘桓、益王朱怡鎬、寧靖王朱術(shù)桂等人，要將其明朝宗室印信收回，諸王見到劉國軒則相當(dāng)驚恐的只好答應(yīng)，將諸王印信上交東寧王府，馮錫範(fàn)等人知道後便決定視為明室主動(dòng)放棄，之後只要那些朱家人送回去不會(huì)被砍頭就好了，和談之事便就此定案，於11月時(shí)東寧派遣禮官鄭斌、賓客司林維榮前往福建福州，與福建總督姚啟聖達(dá)成和談之議，兩岸對峙正式停歇，不久東寧使團(tuán)又前往北京謁見康熙帝以賀元旦，後隔年1684年4月滿清派遣李光地為冊封使抵東寧，冊封鄭克塽為「臺(tái)灣國王」(不過東寧方認(rèn)為「臺(tái)灣」音似埋冤而不吉，因此在對內(nèi)時(shí)始終多以東寧為自稱)。

　　期間朱明宗室包括魯王世子朱弘桓、益王朱怡鎬、巴東郡王朱尊江、瀘溪郡王朱慈爌、舒城郡王朱慈喜、樂安郡王朱義浚、奉新郡王朱熺、奉南郡王朱逵等人皆被內(nèi)渡中原，唯獨(dú)寧靖王朱術(shù)桂不願(yuàn)，決定以身殉國，震驚東寧國內(nèi)，事後東寧王府將其厚葬，不將其遺骨遣回，寧靖王殉節(jié)也象徵三百一十五年歷史的大明帝國正式畫下句號(hào)。

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