主流臺灣史論述中，荷蘭、日本無庸置疑的屬於殖民者，明鄭、清則屬於非殖民政權。對於鄭氏與清帝國統治是否屬於殖民行為的討論從未少過，但多屬於意識形態的角力而少有學術討論。

　　姑且不論中國政權是否對臺灣具「神聖而不可侵犯的固有主權」之類的鬼東西，殖民除了在政治上的意涵，更重要的是它是一種經濟模式。且殖民行為並不限於現代定義的「殖民主義」，還有早期城邦文明都經歷過的擴張殖民。總體而言，殖民的定義包括但不限於：母國人口的移居與文化移植、明確的殖民者、與母國的產業分工（通常是農產品與工業產品的分工）、以優勢武力推進、有目的性地取得當地特有資源等等。

　　定義出「殖民行為」再檢視中國政權於臺灣的發展，明鄭顯然具備除了母國產業分工外的所有殖民行為──事實上，從臺灣輸出原物料並透過「五商」交換加工品，也可視為一種與殖民母國的產業分工。當然，鄭氏政權看似沒有殖民母國，因為中國本土幾乎都被清征服了，但別忘記不是沒有殖民國家本土淪陷而逃亡殖民地的例子，如拿破崙戰爭期間的葡萄牙或更近代的荷蘭。鄭氏在臺灣的經濟結構除了本身的海商體系，還繼承部份荷蘭在臺灣的經濟模式，而沒人會否認這個經濟模式是「殖民式」。在這種情況下，與其討論鄭氏是否為殖民政權，不如將問題改為「為何鄭氏不是殖民者」。

　　清帝國的狀況比明鄭複雜許多。清對臺灣的態度，在統治初期明顯屬於消極的「為防臺而治臺」，人口移居縮限不少。不同於明鄭，清朝在統治早期很少主動以武力擴張在臺灣的控制區，大多是漢人移居者自行與原住民爭奪土地，直到十九世紀中葉才主動以武力入侵原住民領域以建立交通路線、奪取土地種植茶、樟腦這類經濟作物（所謂的「開山撫番」）。

　　將清治視作殖民統治的問題在於，臺灣是清朝「本土」的一部分，「清朝殖民臺灣」就跟「日本殖民北海道」一樣奇怪（但坦白講，其實並不奇怪）。再來，清治臺灣並沒有明確的殖民者與被殖民者，與漢人相比平埔族數量過少。平埔族社會最初與漢人社會平行，直到被漢人吸收、同化後失去自己的社會系統，但也不能保證漢人社會的領導階層沒有被同化的平埔族或者具平埔族血統的漢人，尤其臺灣早期漢人社會中，漢人男性與平埔族女性通婚並不罕見。這吸收與同化的過程，同義於漢人聚落向原住民領域推進，並把平埔族邊緣化，而這是否建立了某種隱性的階層體制？漢人對原住民懷有歧視甚至是「獸化」是肯定的，否則不會有「番膏」這種極端現象。

　　臺灣與中國大陸間的貿易倒能明顯看出兩地的分工關係。在早期，臺灣以輸出米、糖、鹿皮為大宗，這三項從荷蘭統治時期出現的「殖民貿易品」到了明鄭、清治前期也沒太大改變。漢人濫捕導致臺灣梅花鹿瀕臨絕種及日本鹿皮需求下降是鹿產品消失的原因。從方豪（1910-1980）整理的清末郊商貿易貨品表中可以觀察到，臺灣移入大陸工業產品，並移出農產品與經濟作物，簡直就是典型的殖民地貿易。但是，中國境內本來就有龐大的糧食貿易網絡，在江南以運河進行，以輸出糧食交換輕工業產品。顯然江南並不是清朝的殖民地，從這觀點看糧食貿易只是正常的國內區域分工，同樣的觀念可套用在海峽兩岸的郊商貿易。

 

　　漢人在臺灣「開墾」、「拓殖」的行為可以說是自發性而非由政府（官方）主導進行。早期清政府都在漢人後面追著他們的腳步設行政區、派官吏治理，且多數軍事行動、部屬都是針對漢人而非原住民。番界的存在就是清政府不希望漢人過度推進造成麻煩的表現，某方面來講是「反帝國主義」的行為（直到十九世紀「開山撫番」為止）。這點出臺灣開發的特殊性：由下而上的「開墾、拓殖或殖民」行為。漢人的推進有時十分有組織性，最具代表性的當屬吳沙在宜蘭的開墾（或者殖民，許多著作在此事件使用殖民一詞）。那麼由下而發的殖民能不能讓這段歷史時代成為殖民時期?還是殖民一定得由政權主導?