在日本的江戶幕府時代，天皇的地位進一步跌落。幕府在名義上臣服於天皇，但是天皇對政事一律不準過問。1615年，幕府明文規定天皇以學問為第一，只能從事學術研究，或是文藝創作。天皇無權任命國家官吏、給僧侶封號等，天皇唯一能做的是決定年號。

　　宮廷高級官吏的任命，天皇、公卿的服飾冠帶，天皇的出外視察、旅遊等等一律要請示幕府在京都設置“所司代”，其名義是保護朝廷，實際上是對天皇進行嚴格的，全天候的監視。幕府又在公卿中安插“武家傳奏”，是隨時向幕府報告朝廷動向的聯絡員，使幕府對天皇朝廷的一舉一動都瞭如指掌。

　　德川家族雖然嚴格限制天皇的權力，卻又極力和皇室拉攏——其實不過是藤原氏和歷代將軍的故技重演，即以聯姻來控制皇室。

　　後水尾天皇（1596年6月29日－1680年9月11日），是後陽成天皇第三皇子，母親為女禦近衛前子。名叫政仁，于1611年接受後陽成天皇的讓位。原本後陽成天皇有意將位置讓給他自己的弟弟八條宮智仁親王，因此後水尾天皇與其父之間關係並不和睦。後水尾天皇是後陽成天皇的三皇子，因為他的兩個哥哥全都遵命出家，他才得以繼位。

　　後陽成天皇的讓位是出於德川家康的意思，由於幕府初建，需要朝廷的權威做為後盾，而朝廷則需要幕府的金錢援助，只好屈從幕府威勢下。1619年，後水尾天皇因為寵愛的女官已生下一子一女的事被傳到當時將軍德川秀忠那裏，引起秀忠強烈不滿。1620年，德川秀忠把女兒和子送進宮中，做後水尾天皇的皇后，與天皇生有2男3女。德川幕府只容許和子生的子女繼承皇位，其他妃子生的子女往往被其殺害。

　　寬永四年（1627年），發生皇后與天皇爭執的“紫衣事件”——“紫衣”是授予僧人榮譽和地位的象徵。後水尾天皇為了增加皇室的經濟來源，事先未同幕府商量，一次向大德寺和妙心寺70多位僧人授予了紫衣。敕許僧侶為僧正，並以紫衣，這原是天皇的特權，但是，在德川幕府制訂的《禁中並公家諸法度》中，卻明確規定了朝廷不能私自授予紫衣。

結果德川幕府于1627年授意京都所司代板倉重宗宣佈，今後只要是違反《公家諸法度》中關於紫衣條文的人，一律免職受罰，並沒收了之前違反幕府規定授予的紫衣，取消了這批僧人的榮譽，讓天皇顏面掃地。後水尾天皇通過朝廷表示：“今後總之不會再做這種無效的事”。“紫衣事件”才得以平息。

　　寬永六年（1629年），將軍德川家光竟然派他的乳母春日局前往面見天皇，由於春日局無官無位卻前往面見天皇（春日局的義兄是朝廷公卿、武家傳奏三條西實條，而且春日局的父親是明智光秀的部下齋藤利三，前任丈夫是大名稻葉正成），被天皇認為是奇恥大辱，覺得幕府沒有把他的權威放在眼裏。於是在同一年，憤怒的天皇無預警讓位給才只有七歲不到的皇女興子內親王，是為明正天皇。這是為了顯示幕府想以自己的外孫繼承皇位的野心。

　　但也有的人認為，後水尾天皇退位另有隱情。原來後水尾天皇喜歡拈花惹草，他不但把妓女召進皇宮，還私服出遊，在花街柳巷流連忘返，以致得了性病。為了治療難言之隱，才不得不退位。總之，在德川幕府安排下，後水尾天皇7歲的女兒興子繼位，即明正女皇。這是自稱德女皇之後九百多年突然出現的第一個女皇。明正女皇是德川秀忠的外孫女，德川家族便把朝廷視為自己的後庭。

　　後水尾天皇退位後，仍乙太上天皇身份攝政，執掌院政長達五十多年。1651年，出家為法皇，法號“圓凈”，1680年以85歲高齡去世，葬于月輪陵。後水尾這謚號，是來自平安時代的清和天皇，清和天皇別號水尾帝。他畢生熱心學問，喜歡詩歌創作，還有作品問世。