1683年東寧在澎湖之役獲得了勝利，並且在之後稱臣納貢......或著說「議和」，爭取到了「喘息時間」，是的，是「喘息時間」，因為兩邊的關係實際是相當不信任的，若不是滿清在海上的有生力量被消滅、東寧的民生經濟陷入困境，否則兩邊依然會繼續像1663~1673年之間的對峙狀態。而對於這個得來不易的機會，東寧勢必要好好的重整在西征失敗以來的混亂局面，並且應當積極重振海外貿易以充實自身實力。

　　然而事實上東寧過往的貿易榮景以及優勢卻已經不復以往，因為滿清宣布解除遷界令與海禁令，外國人有了可以直接前往中國通商的合法管道，不再需要通過走私貿易，就連東寧昔日的合作夥伴英國東印度公司也因為債務問題，儘管不到武裝衝突，但在一番討價還價之後，寧英兩方最終是以不歡而散收場，後來英國也成為了東寧在南洋貿易中的競爭者之一。而不只鄭家人要做生意、外國人要做生意，清朝官員也要做生意，他們底下的官商牙行很快的就取代了原本鄭氏集團在中國沿海的商業地位，這對東寧的海外貿易來說是最大的打擊，儘管東寧還有不少累積下來的商業資本可以作為老本繼續吃，但在煙硝散去的東亞海上，面對中外諸國百家競爭，東寧的海上勢力已不如過往的「明鄭」海商集團那般威風滿面了。

　　東寧在這一時期內部由馮錫範與劉國軒分掌國政與軍事的雙頭體制把持著，並在將何祐為首的反馮派將領肅清後變得更加穩固，但其代價便是君權遭到了嚴重的架空，昔日的幼主鄭克塽即便在成年親政後，諸事政務也不得不經由他那位「義父」處理，形同傀儡，儘管馮錫範死去之後劉家、鄭氏宗親以及實力派將領很快的就聯合發起反馮行動，但因為長期由武官掌權的情況下，勛臣家族與的權勢仍不斷的在擴大，即便東寧高祖鄭克塽取回一定程度的話語權，但文官體系卻還是受到了箝制，由數位高級武官擔任「參贊機務」成為了東寧中央的決策圈，同時在政治上依然是以「血緣」為核心來拉群結黨，數個大家族彼此之間錯綜複雜，「勛貴政治」接續了在馮劉體制之後，基本上所謂的東寧政治就是整天上演八點檔。

　　而如前面所述，東寧滿清兩邊的議和不如說只是停戰、休戰，當滿清解決來自俄羅斯與準噶爾對北方邊境侵犯，穩定控制外蒙古與外滿州後，東寧與滿清的關係就有可能開始生變。作為「漢人」小朝廷的東寧始終一直都受到滿清的忌諱，尤其在1690年代開始出現了大量閩粵客工移入東寧境內進行開荒，這件事不斷被清朝中央官員的質疑與皇帝的猜忌，相當擔心東寧會結合海外反清勢力而壯大，最終在1700年頒布了「臺灣海禁」，要求對東寧的交流「只進不出」，禁止大清臣民渡海前往東寧，也禁止商船前往東寧貿易，並下令滯東寧者立刻歸國，最主要就是為了減少閩粵民間與東寧之間的交流互動，以此來箝制東寧對中國沿海的影響力。

　　不過，這對於福建的清朝官員來說就有些過慮了，因為如前述東寧喪失了原本在商貿上的優勢地位，這讓東寧以甘孟煜、柯鼎開、張日曜為首的文臣主張實行「奉清」政策，為了能夠在中國口岸安定的維持貿易活動，東寧開始積極與福建等東南省份的官員們建立友好的關係，以此來避免可能在貿易上帶來的爭議，也就是說為了通商賺錢，東寧主動的成為了「恭順之邦」。而儘管福建水師自澎湖之役覆滅以後，清廷在以防範東寧為基礎下再次重建了福建水師，在體量與資源的差距之下，福建水師嚴然已經足以再次威脅東寧，但實際上閩粵官員們並不希望看見戰事的發生，因為這會帶來像是遷界令一般的大麻煩，很有可能會造成好不容易面臨全面性海禁，進而導致他們的利益受損，即使朝廷中亦有著諸如海澄公黃家等一類與鄭氏王朝之間結下樑子的主戰派頗受康熙皇帝青睞，但在東南官員的普遍反戰，以及東寧態度「極其恭順」之下，康熙皇帝同樣也清楚認知現有海疆穩定與海上貿易繁榮是互相影響、連環相扣的，若要打破和平，後果是難以估計，因此出征東寧的念頭終究是無疾而終。而自康熙以後，因為常年的承平，使得清朝的海防逐漸鬆弛，昔日強大的福建水師也被裁撤到戰力大減，與之相反的，東寧水師反倒在18世紀末強化，並在寧清戰爭中擊潰了福建水師。

　　在經歷過長期的海貿競逐後，東寧於18世紀中葉後的海上復甦原因來自許多的面向，除了「臺灣海禁」的崩壞失效與大量閩粵客工移墾定居東寧，充實了東寧人口，使得東寧在內部民生經濟上愈來愈穩定，而對外貿易也因為農業開發擴張讓米糖等農產品輸出量大增。此外在東寧世宗即位以後，在政治上逐漸壓抑了甚囂塵上的舍人集團(勛臣家族)，積極扶植科舉出身的文官集團，擺脫勳貴政治，提升東寧官僚體系的行政效率。隨著整體國力的增長，東寧對於水師的投入也變得更多，由其是在火炮技術方面，在技術官員多年的努力下取得進步並得以實現量產，配載大量火炮的大型戰船也因此出現，最後煥然一新的水師艦隊撼動了清帝國的海疆。

　　雖然稱霸東亞海上的「東寧神話」在過去不斷被各界史學家所讚頌，東寧民間也同樣以「海洋王國」為榮，但戰後的現代學者經過長年的檢討審視後，認為所謂18世紀的東寧黃金時代並非17世紀海商盛期的延續，也非因為「實學」的影響下驟然崛起，而是歷經數代君主後，隨著數十年間東寧土地的開闢發展，鄭氏王朝才從一個「海商集團」真正的變成了一個「國家」，並以國家的姿態進行類似於歐洲的重商主義政策，使得東寧的經濟與軍事在1780~1790年代呈現爆發成長的結果，重新成為東亞的海上霸權。

　　不過這個霸權實際上算是相當短暫，隨即在19世紀初因為內部政治混亂而走向了衰退。