在辛饒·米沃且創立雍仲苯教以前，西藏還是自然崇拜的原始巫教時期，那時信奉的神靈還沒有系統，沒有分類，是一種「萬物有靈」的泛神論觀念。而到苯教時期，開始有了人為的宗教初步分類和大致的不同系統。苯教信奉「天空為神界，中間為贊界，下面為龍界」的所謂三界神靈。

神界

　　據藏文典籍記載，天界分為七層，有天父六君子，連同赤頓止為七神，赤頓止之子即為聶赤贊普，聶赤與此後的六位贊普合稱天赤七王，居住於七層天。七王「在其子能騎馬射箭之時，就沿著天繩，如同彩虹一般向天空飛去」。苯教的始祖和九位創世神也居住於天界虛空中的須彌山之頂。藏族巫師作法時，身上要纏以五色絲帶象徵彩虹。唐卡神像的兩側掛有紅、黃色兩根綢帶，其意也在使神靈駕虹飛上天界，或天神順虹橋降下人間。西藏祭儀和民俗中普遍使用的五色彩箭、五色經蟠、五色毛線等也與此有關。祭祀天神的儀軌，主要是焚神香煨桑。煨桑時，要燒起一堆雪松枝（後來一般用柏樹枝和艾篙等），往上撒神靈最喜歡的「三乳」（乳汁、奶酪、酥油）和「三甜」（砂糖、蔗糖、蜂蜜），還有當地生產的青稞炒熟後磨成的糌粑（藏族的主食）和其它一些香末及藥物，再灑少量的頭道青棵酒和潔淨的茶水等。雪松和柏樹被認為是九位創世天神中的主神「塞」的神樹，燒起雪松枝的煙火，苯教神祖和以塞為首的九位創世神，會順著這股祭獻香火冒出的煙縷自天而降，煨桑焚祭的目的在於讓神靈吸收桑煙，並通過桑煙和祈禱把人間的信息送到天界報於神知。比如，煨桑冒出白煙，並能緩緩上升，縷縷不斷，則意味著神已欣然接受；如果冒出的是黑煙，且在長時間內被風吹得散亂無序，則意味著遭到神的拒絕。煨桑一般要選擇當地最高的山頂、隘口、險關、橋頭、山腳、河濱、村頭和城鎮的三叉或十字街口等處，築起一個大小與環境相當的煨桑灶。每家每戶喂桑時，則在一個小「桑崩」中於房頂或房院的明顯高峻、潔淨之處進行。

贊界

　　苯教視中界為遊魂「贊」的世界。藏諺曰：「人死而贊魔生」。苯教認為，人活著時靈魂可以離開軀體遠遊，並能寄附在某種物體上，由此而產生了西藏一些得道高僧舉行靈魂轉移的所謂「奪舍」法術。藏族著名的古典長篇小說《鄭宛達娃》，就是反映大臣的兒子為篡權，利用王子靈魂遷入杜鵑鳥去密林遊玩的機會，把自己的靈魂遷入王子的身軀而回宮冒充王子去接位的故事。但是，在人死後靈魂卻變成一種贊魔。藏族的地方保護神，一般都是當地熟悉的人死後變成的贊。因為苯教的觀念是，人死後靈魂並不能下地獄，也不能升入天界，特別是兇死之魂，只是在中界徘徊、遊蕩。據說贊穿著紅披兒，內有銅甲，騎一匹栗色灰斑皮毛的馬，經常出現在日落時分，手持一把半月形鐮刀和一條套索。贊，也是一種火神，藏族贊的信仰與中亞、突厥地區最重要的民間拜火信仰相融合。苯教經典中描繪的贊，往往是一身紅焰，居於高高的西方銅色山，銅色紅類火。贊系兇神之主閻王，不是居於地下，而是地上的「魂城堡」。魂城堡「坐落在一塊紅銅平原上，周圍的銅巖刺向天穹，紅褐色的兀鷹在天空翱翔，贊魂在天空四處漂蕩，毒蛇攀援，紅色山巖中央是一座沸騰的血海。」這個苯教觀念中的閻王，後來成為桑耶寺的護法神，寺旁建有他的一座魂房「贊康」，外面始終蓋著紅布。在拉薩通往日喀則的大路至羊卓雍湖，一路上建有七座贊康，據說屬於贊系的火神七兄弟，他們的配偶都是生有狗頭的女鬼卒。藏區山頂的瑪尼堆上凡擂著羽箭（外塗紅色）的地方，說明也是火神贊的居處。贊，也有祖先崇拜的因素，中界是贊也是人的世界。遊近天界的贊有較強的神性，居於中界的贊完全是人亡之游魂。而神贊、遊魂贊與具有人形的火神贊融和後，則具有勇武強權的象徵。唐蕃會盟碑上稱藏王為「神變贊普」，即為能變幻身形的大巫師，所以贊普中的贊為人神之中介，由此男巫師演變成為君主、國王之意，贊普也就成為人間的神變之王。由此可見，古時西藏社會特殊的政治、宗教體制，都建立在藏族早期神魂人巫觀念的原始信仰之上，這為政教合一制度的產生提供了思想基礎。作為人神中介的巫師在西藏獲得格外的尊榮，在西藏地方政府機構中還為巫師安排了固定職位。五世達賴以前，藏政府的宣諭神為色拉寺附近的“噶瑪恰”，此後又讓位於哲蚌寺附近的乃瓊，其主神為白哈爾。

　　對贊的儀軌和祭祀，苯教使用的一種法器叫垛。贊垛是用兩根長木條做成的大十字架，然後以細木條架成菱形框，再用彩線或細木棍織成菱形網：贊垛的上端拴鳥羽，兩邊各架設一個小垛，稱為天手，天手下系彩帶，下端捆上白芥籽盒。最初的垛，只是為降伏兇魂的，後來演變成一種普遍使用的法器，用以降伏所有的惡魔。在藏區的每一個村莊旁，總有一個石砌的四方形小紅房間，這就是為當地遊魂所建立的居所「贊康」。祭祀時要供獻山羊血肉，亦即要作紅祭血肉供。早期拉薩的巫師，在藏歷新年都要舉行殺除贊魔的儀式，屆時巫師身穿盔甲，在祈請神魂附體後，全身亂顫，雙眼圓睜，狂怒地穿行各個街道，向歸歲之兇魂遊贊射出一支支神箭，最後將事先準備好的贊魂俑像投入火中燒毀。後來藏傳佛教格魯派在拉薩創立傳召法會後，以驅送活鬼的儀式替代之。

龍界

　　苯教宇宙結構中的下界為「龍」的世界。據《十萬龍經》記載，龍居於大海、湖泊、江河、沼澤、瀑布、水池、山巖、土地、樹林等地上水下的所有地方。龍，藏語音為「魯」，是苯教九位創世神之一。藏族的龍信仰，最初由蛙而來。苯教巫師獻給龍的供物主要是蛙。吐蕃早期贊普多數娶龍女為妃（贊蒙）。傳說有個贊普之妃生得異常美麗，但後來卻變醜了，問其故說因許久沒吃到家鄉的蛙了，後來弄了油炸青蛙一吃，又恢復了美貌。其妃名意即為龍王。所以，藏族最初的龍，是對魚、蛙、蛇、蠍之類的崇拜。藏族三界宇宙觀中本來就有天陽地陰之說，故居於地之上下的龍都屬陰性，稱為母龍，實際上是從原始地母觀念發展而來的。《十萬龍經》中就有與「地母生萬物」相類似的「母龍生萬物」的神話。苯教神系中居干天界的最高神滾多桑布之配偶滾多桑姆，其原始含義為「無限空間偉大之母」和「大地之母」，她的形體會發亮，而且光芒四射，是與希臘神話中宙斯的兒子阿波羅相似的光明女神。據一份藏文木刻本的祭神書說，「父親天空雷聲隆隆，母親大地閃電彎彎，兒子駿馬是雪山的精華」。苯教認為天和地是陰陽統一體，沒有地獄觀念，對靈魂也不分絕對的善惡，贊是惡魂，有時也可以是善魂，甚至又等同於祖先，井能護佑人。故而人死後靈魂不進入地下，而地之上下屬於龍的世界。龍神儀軌及其畫像中，被描繪成穿一身羽毛長袍的象徵霧的無縫隙的水質絲綢長衫，乘騎一匹帶白色水紋的藍馬，手捧一只裝滿寶石的水晶花瓶。龍神各類多得不勝枚舉，總的可分為五大類：屬於善神類的叫甲仁，屬於障礙神類的叫芒仁，其他三類可善也可作惡。他們分居於東、南、西、北、中，把人類封鎖於其間。龍，是人世間240種病惡之源，稱為龍病。龍，又被稱為水神，主雨水，管避水旱災害，防止疾病、飢餓、受傷和人們的貪心、嫉妒等。求雨巫師進行儀式時，穿藍衣服，手拿藍障幢，供藍色食品。藏戲《頓月頓珠》中就有為祭龍神，需要把一個屬虎的少年擲下湖去以祭龍的情節。龍，又是財神，家在水底，水底有她居住的五百座龍宮。她還可以遊動居住，每一戶人家也都有龍王的居處。故而藏家每逢藏歷新年，都要在灶後被煙熏黑的牆上，用糟把面點畫一隻蠍子和一個雍仲符號，在其旁還要點畫上酒壺或茶壺以及供奉食品，以祭龍之財神。拉薩龍王潭供奉的龍女名叫墨竹色青，形像為十五妙齡美女面相，頭上有九個蛇頭，下身為魚尾。她是苯教八大龍神之一，被蓮花生收服成為藏傳佛教寧瑪派中地位很高的護法神。她也是女性，特別是年輕美貌之女性的保護神。傳說五世達賴在遷入剛擴建完畢的布達拉宮之後的一天，天剛破曉，走出寢宮向四周隨意眺望，以活佛之神眼，發現龍女墨竹色青正蜷縮在布達拉宮北側的古柳樹枝上，凌冽的寒風吹得她瑟瑟打顫，心裡非常不忍，就命僧侶百姓在布達拉宮後就著取土之凹坑，修起一個人工湖，湖心島上蓋一座加了琉璃瓦的龍王閣，請龍女墨竹色青在這裡永遠駐錫。每逢藏歷4月15日「薩嘎達娃節」，許多年輕漂亮的女子，都要到龍王潭來煨桑祭祀，要以三乳、三甜來敬獻供奉，向龍女墨竹色青叩頭膜拜，然後在人工湖中蕩著牛皮船，或者在草坪林卡歡歌狂舞，野餐娛樂，祈求她賜給幸福、歡樂、富裕和財運興旺。