（以下正文）
神聖五重奏
主角鹿目圓與好友美樹沙耶香、學姐巴麻美以及來自鄰近城市風見野[註 1]的佐倉杏子等人，每一晚都在與怪物「夢魘」作戰。某一天，一名頭頂三股麻花辮的眼鏡娘 — 曉美焰轉學進入見瀧原中學，自此揭開故事的序幕。焰的加入，形成了5名魔法少女、麻美的好友蓓蓓以及魔法的使者丘比所共同行動的「夢魘」討伐團隊，合稱「魔法少女 神聖五重奏」[註 2]。一個月後的某次戰鬥過後，焰的心中開始湧現「我們的戰鬥是這樣的嗎？」的不協調感。
焰把自己的疑惑向杏子全盤托出，於是2人結伴進行調查。結果發現，不僅見瀧原不存在「市區外」，而且大家的記憶都被巧妙地竄改過了。焰因此確信，做為與「夢魘」戰鬥的舞臺的「這個見瀧原」其實是「魔女的結界」。
本來，現在這個世界，魔女已經不復存在。因為在此之前，鹿目圓改變了「魔法少女終將委身絕望、化身為魔女」的因果律，藉由「過去和未來的所有魔女，在誕生前全部由我親手消滅」的許願，自我犧牲，重新構築了世界。由於這個「圓環之理」的新概念，永遠抑制了魔女的誕生，所以世界的扭曲改以「魔獸」這種形式出現。在那一場巨變中，焰繼承了圓的意志，隻身擔負「圓曾經存在」的所有記憶，並決心繼續守護這個「被圓所愛的世界」，履行討伐魔獸的使命[註 3]。
不可能的存在
取回關於魔女的記憶的焰，開始認為，在以往許多時間軸當中，曾經咬死麻美[註 4]的蓓蓓十分可疑。於是焰將之捕捉，加以訊問。由於手段粗暴，引起了暗中尾隨的麻美的介入。在一場激烈的戰鬥之後，焰落敗且被麻美控制了行動。但於此同時，麻美自己的記憶也開始產生不協調感，而沙耶香則趁隙解救了焰。逃離險境之後，沙耶香向焰闡述自己的見解。她認為「這個見瀧原」之所以是個「大家同心協力、和樂融融」「戰鬥簡單輕鬆」的世界，是因為有魔法少女、即製造這個結界的人期待這種世界的緣故。但此事真的罪大惡極，非加以制裁不可嗎？
焰根據與沙耶香的對話，總結了與「圓環之理」相牴觸的3個「不可能的存在」：
- 創造了這個結界的「魔女」。
- 保持著「魔女型態」的蓓蓓。
- 知道「魔女的存在」的美樹沙耶香。
也就是說，由於某人一手炮製這個「逃不出去的虛假世界」「逃避消滅魔獸的責任（代之以夢魘）」，導致圓的犧牲被白白浪費 — 焰在心中暗自詛咒這一切。於此同時，在另一方面，自稱恢復記憶的蓓蓓，向麻美展露自己的原型 — 百江渚，告訴麻美務必傾聽自己的說明。
須臾，丟失沙耶香的行蹤的焰，在夜路徬徨遊蕩時被圓遇見。2人在綜覽見瀧原夜景的山丘上，推心置腹地交談。在這裡，焰重新認識到「這個圓」確實是真的。當初圓為了拯救眾人，自我犧牲成為消滅魔女的概念（圓環之理）自此固定在宇宙中，而被迫告別眾人的種種，實非心中所願 — 從圓的口中得知此一真相，焰不禁潸然淚下，後悔地說，自己當初「不該認同圓的做法」「無論如何都該不擇手段阻止她」。
儘管圓告誡焰「不可以變成孤零零一個人」，但焰仍以隱喻永別的發言，向圓告別。
丘比的實驗
顯得胸有成竹的焰，與杏子通電話後，又凸顯出一個不可能的事情，即大家都「知道鹿目圓的存在」。焰以「不會再把妳拖下水[註 5]」的發言結束對話後，決心隻身確認某件事情。焰尋思，在重新構築的世界中，圓做為「無始無終、從未存在」的存在，本應「只有焰知道鹿目圓[註 6]」。既然「只有記得圓的人」才可能創造「圓存在的這個世界」，經由乘坐巴士完成確認手續的焰，終於承認：
我究竟是什麼時候...變成魔女的？
原來「不可原諒的魔女」就是自己，傷心欲絕的焰倒地痛哭，開槍將本應是「靈魂寶石」的物品擊碎。於此同時，因為察覺了真相，這個世界也按照魔女的意志，逐漸毀於煉獄般的烈焰。過往的魔女以及焰的使魔充斥於小巷、鬧街。巨大的椅子、櫃子也出現在高樓大廈間，象徵「這個見瀧原」的本質 — 虛幻的童話世界。
丘比來到焰的面前，自我揭發。這一切的假象，都是丘比（孵化器）干涉下的「實驗」。牠期望藉由此次的實驗，達成其最終目的 － 確認「魔女化」這種更有效率的能源收集之道。
在「圓環之理」改寫後的「沒有圓」「沒有魔女只有魔獸」的新世界中，由於孤獨的焰在最終話結尾漏了口風，使丘比輾轉得知「魔女存在的世界」「以感情的相位轉換收集能源的方法」，為了驗證魔女和「圓環之理」的存在，丘比在焰的靈魂寶石完全混濁的瞬間，設置了「空間遮斷力場（The Isolation Field）」，單向阻斷靈魂寶石與「存在圓環之理」的真實世界的聯繫。透過巧妙的「調整」，使得內部（焰的靈魂寶石）可對外部（真實世界）作單向干涉。這造成焰潛意識中的一部分熟人，都被拉入靈魂寶石中的結界，被捏造了記憶，在結界中「這個見瀧原」活動著。也就是說：
- 在真實世界，真正的魔法少女焰已經死亡。
- 焰受困於「空間遮斷力場」，無法在魔女化的瞬間被「圓環之理」引導，得到引導。
- 魔女化的焰，只能在靈魂寶石內創造結界，也就是大家所在的「這個見瀧原」。
藉此，得以讓丘比觀察：
- 靈魂寶石混濁到極限，而無法被「圓環之理」淨化時，進而產生的「魔女」與「魔女的結界」究竟是什麼。
再加上，焰過去總是以「鹿目圓」稱呼「圓環之理」。因而「知道鹿目圓」的丘比確信，當「無論在真假見瀧原，都不應該存在」的圓，卻出現在結界內的世界，就意味著「圓環之理（鹿目圓）」與「魔女（曉美焰）」同時存在，得以讓丘比額外觀察：
- 那個使魔法少女「死後完全消失」的「圓環之理」是否存在。
- 「圓環之理」抑制魔女化現象的原理。
丘比認為，由於焰的結界「竄改記憶」的效果波及了圓，因此圓將「進入結界救贖焰」的目的，以及「圓環之理的能力」遺忘至今。「鹿目圓忘記自己是神」「曉美焰忘記自己是魔女」導致「圓環之理的現象」無從發生，阻礙了丘比的最終目的：
- 觀察後，取得「控制圓環之理」的方法。
- 恢復舊世界「魔法少女化身為魔女」的因果律，大幅增進能源回收的效率。
「胡桃鉗」魔女
如果讓圓取回做為「圓環之理」的記憶，丘比既能取得期望的東西，焰自己也能得到救贖。於是丘比開始催促焰「向圓求救」，以便共蒙其利。然而，焰聞言陷入狂怒，全盤否決丘比的提議。她驅使無數使魔向丘比發動瘋狂的攻擊，並表明「拯救圓」是自己做為魔法少女的唯一願望。與其讓圓的秘密曝光，害她被丘比控制利用，焰寧願從此委身絕望、成為魔女。只要魔女化的自己死於巴麻美與佐倉杏子的攻擊，失去實驗要件之一（即魔女）的丘比就無法實現其對「圓環之理」的圖謀了：
...絕對不會讓你...孵化器，再接觸那個孩子！
絕望的力量讓市區出現巨大的斷頭臺，焰則完全化身為「胡桃鉗」魔女[註 7]，並集結了與魔女出自相同典故 — 芭蕾舞劇《胡桃鉗》的4種使魔。隨著結界上空一扇「繪有鹿目圓的門」赫然關閉，焰已決心砍掉自己的頭，順從使魔的牽引，走向絕路。於此同時，焰的腰帶也化作2隻不斷掙扎的手，象徵著「不得不孤獨死去、與圓永別」的矛盾與悲痛。
就在此時，鹿目圓、美樹沙耶香、百江渚、巴麻美、佐倉杏子開始行動了。在錯愕的丘比面前，沙耶香與渚揭開了真相的另一面：
- 沙耶香與渚確實已非魔法少女，而是死前受到「圓環之理」的引導，現在成為「圓環之理的隨從」的存在。
- 洞悉丘比「實驗計畫」的鹿目圓，為了救出「即將魔女化」的焰，將自己的記憶囑託給沙耶香、渚2人運送[註 8]。
- 3人進入焰的靈魂寶石後，沙耶香與渚的記憶就被結界竄改，直到故事中盤才完全恢復。
- 沙耶香與渚起初的型態（魔法少女；「零食」的魔女），是為了符合焰的記憶，融入「這個見瀧原」。
- 沙耶香與渚都具有「轉換型態」的能力，可視需要變化為「魔法少女」或「魔女」型態，也能支配使魔。
沙耶香喚出自己的魔女型態 — 「人魚」的魔女，並透過使魔「演奏」召喚其他魔女麾下的使魔群，以便與自稱「必須死在這個世界」的「胡桃鉗」魔女相對峙，以阻止尋死的焰。其他人則致力擊破焰的使魔大軍以及魔女結界。就這樣，藉由5人及其使魔的活躍，覆蓋魔女結界與焰的靈魂寶石的「空間遮斷力場」被破壞，丘比的圖謀以失敗告終。
拉弓擊破「空間遮斷力場」前，圓詢問焰是否害怕，焰的回覆略顯怪異，但無人察覺：
沒關係，我已經不再猶豫了。
我殺了我自己
眾人回到真實世界，圓的記憶與「圓環之理」的力量也恢復了。接下來，就應該輪到焰接受圓環的引導了。在麻美與杏子的見證下，展現最終型態（圓神）的圓，與一起來迎接焰的沙耶香、渚從天上出現。儘管遺體姿勢過於整齊、緊繃的遺體表情、此前焰向圓道歉「背叛圓的心意」以及焰變身畫面的魔女文字「我殺了自己（Ich t?te mich...）」 － 種種跡象都指向魔法少女焰的「預謀死亡」，但眾人皆未感到異樣。
打算引導焰的圓，向焰的遺體伸出了手，焰浮起詭異的笑容：
這一刻...我已經等很久了。
焰突然反手抓住圓的手臂，一舉拔出圓的人類外型與記憶，做為「人」的圓與「圓環之理」頓時一分為二。藉此，焰正式接管了「圓環之理」概念的一部分，焰的靈魂寶石閃爍著慶伯利巖的色彩，染上了「比混濁更可怕的顏色」，變化為黑暗的寶玉（Dark Orb）。依照焰的意志，宇宙法則被再次改寫了。
事態至此已完全失控，焰自稱成為『惡魔』。針對丘比「妳究竟是什麼？」的疑惑，焰答覆道，這就是比「希望」更炙熱、比「絕望」更深沈的感情 — 「愛」的力量。即使不具有人類的感情，丘比也即時得出了「簡直莫名其妙」「利用人類的感情過於危險」的正確判斷。這個「焰」做為「魔法少女機制」的結果之一，顯然已超出丘比的文明所能控制的範圍。然而，打算逃跑、停止干涉地球（製造魔法少女／魔女）的丘比被焰一把抓住，被強行要求繼續淨化全世界的詛咒。面對焰，丘比毫無反抗之力。
末了，在『惡魔』重新構築的世界中，與片頭的結界世界相似，麻美與杏子仍以中學生／魔法少女的身份生活，而沙耶香與渚變得無法返回「圓環之理」，也只能再以人的身份（魔法少女）在人間生活。沙耶香因為留有「圓環之理」存在時的記憶，遂挺身嚴厲譴責焰。焰則表明，在她在完全消滅魔獸之後，將是魔法少女的最終死敵。語畢，焰的使魔卻向焰投擲蕃茄，彷彿在寓意「謊言」。焰最終拍手消去了沙耶香自己做為「圓環之理」一部分的記憶。儘管頓時陷入短暫的疑惑，沙耶香卻也抓住了再一次享受人類日常生活的喜悅。
魔法少女全員生還，過著幸福平凡的生活。神格的「圓環之理」做不到的，卻由『惡魔』一手實現了。
誰在做夢？
這一天，焰的班級加入了一位轉學生，她是來自美國的歸國子女鹿目圓。下課時間，焰帶領圓走出教室，參觀校園。就像她們最初的相會，只是角色對調了。焰詢問圓「回到久違的故鄉，感覺怎麼樣？[註 9]」，圓因此幾乎想起自己做為「圓環之理」的事情，但覺醒被焰強行中止了。焰又問圓，「秩序」與「慾望」應該作何選擇？圓給出否定破壞秩序的回答，焰遂得出自己與圓終將敵對的結論。但即使如此，焰仍希望圓接受自己一手設計的「圓可以幸福生活」的新世界。說著說著，焰將自己以前得自圓的紅色絲帶，還給了圓，眼泛淚光地感慨「果然還是比較適合妳」。圓則一臉驚疑不定。
就這樣，這個彷彿回到「最初」[註 10]，卻存在許多不穩定因素[註 11]的世界，在其他四人的虛假邂逅、圓與家人團聚的畫面後，留下了魔女文字「誰在做夢？（Wer tr?umt?）」，奏響了片尾曲。
如同片尾曲的名稱「妳的銀白庭園（君の銀の庭）」，這就是焰心目中的理想世界。焰的病嬌式狂喜、這個世界的「搖搖欲墜」都在歌詞描述之內。
尾聲，半月之夜，在只剩一半的山丘上，焰坐在一張椅子上，身體微傾，就像記憶中與圓磨蹭臉頰[註 12]的姿勢一樣。但她的身邊已沒有圓，只有空虛的懸崖。附近的草叢傳出騷動，是丘比在移動。焰一邊泛起笑容，一邊在下雪的月下獨自跳起芭蕾舞，最後全身倒向沒有月光的懸崖一側。焰高空墜落，貌似與電視動畫第12話（與劇場版［後篇］）的結尾相似，但姿勢不同。山丘的雜草叢中，丘比渾身是傷，不斷地顫抖。
叛逆的物語，就在一幅處處不完整的畫面中完結。
註釋：
- ^ 前作未設定，首次出現於外傳漫畫《魔法少女小圓 ?The different story?》。
- ^ 前作從未出現「5人全員到齊」的正規戰鬥。
- ^ 電視動畫第12話、劇場版［後篇］的結局。
- ^ 電視動畫第3話、劇場版［前篇］的內容。
- ^ 一語雙關。原文「あなたの手はわずらわせない」也有「不要對我手軟」的意思。
- ^ 可參考電視動畫第12話（與劇場版［後篇］），沙耶香消失後，焰叫喚「圓」，在場的麻美反問焰「誰是圓」。
- ^ 經解讀後，劇中提示的魔女文字為「Kurumiwarinomato」與「Homulilly」。前者的英文為「Nutcracker Witch」，後者則與PSP版的「此岸」的魔女相同。
- ^ 也就是說，圓的失憶，與焰的結界無關。
- ^ 一語雙關。一方面指「從美國回來」的虛構經歷，另一方面是「從神格回到人間生活」的真實感覺。後者才是焰的真義。
- ^ 電視動畫第1話、劇場版［前篇］的第一天。
- ^ 四處出沒的使魔，以及隨時可能覺醒的鹿目圓。
- ^ 劇場版［前篇］［後篇］的片頭曲畫面。就是該格畫面的複製底片，在雅虎拍賣以108萬日圓結標。
附錄意象：
故事中盤，焰的使魔不斷拋接木製線軸，發出「fort」「da」叫聲的行為，係出自西格蒙德·弗洛伊德的著作《超越快樂原則》（Beyond the Pleasure Principle / Jenseits des Lustprinzips）?！竑ort」是嬰兒拋出木製線軸的叫聲，「da」則代表動手拉回。這是一個不斷在「失去」「失而復得」的過程中熟悉「痛苦」的遊戲。
此書的日文書名《快感原則の彼岸》，也對應了焰的另一種魔女化 — 「此岸」的魔女。
創作內容
『叛逆の物語』故事始末
Index (1)