新增內容
角色列傳
新增每個角色的個別故事，以她們的角度來看整個世界，愛上每一位少女。
搭配真萌娘無雙原片的主人公視角，可同時享受到各種不同的關連劇情與突發狀況。
次代選擇
初代與次代的交界選擇，當特定角色通關之後，則新增下一代角色所發生的故事。
創世模式
以擁護萌朝末皇木之本櫻為目標，選擇角色後開始一連串的冒險，遇到知心的夥伴、建造繁榮都市、振奮民心，最後將木之本櫻擁護在萌皇樓內即完成任務。
武器切換
雖然沒有自由武器選擇，但每一位角色都擁有的原動畫，持有的道具化為副武器，當主副武器切換攻擊時，會有特殊的攻擊方式。
羈絆亂舞
當兩位角色萌雙值滿格、貼在一起時按絕招鍵發動。擁有特殊羈絆的角色會有意想不到的攻擊方式，並且有著顯著的攻擊。
優劣勢助攻
當我軍的士氣壓過敵方士氣時，玩家角色速度、攻擊力會大幅提升；當我軍士氣被敵方壓過去時，玩家角色萌雙、防禦力會大幅提升。
