故事背景始於自從開發FRACTALE系統)成功後,人類不再需要工作就能生活下去。這樣的樂園維持了千年,系統仍然運作,可是再沒有人能準確解析系統的狀態。居住在世上大部份的人類,依然相信只要系統維持運作,才能永遠的幸福下去。可是隨著某小島的FRACTAL系統開始崩壞,故事進入序幕。
每天過著平淡生活的少年格雷恩救下了因被人追趕而墮崖的少女芙露奈。這次的偶遇使格雷恩的心神起伏不巳,然而芙露奈卻突然消失得無影無蹤,只遺留了一枚胸針。胸針內封印著一個跟芙露奈相似的女孩ネッサ。格雷恩與ネッサ一起踏上找尋芙露奈的旅途,終發現了FRACTAL系統的秘密......