《英雄傳說 閃之軌跡 III》故事描述前作內戰過後一年半,「灰之騎士」黎恩?舒華澤因在俗稱吊車尾分校的「托爾茲軍官學院·利布斯第二分校」擔任教官而吸引了諸多目光。
在那,他遇見了來自各地的各色各樣人們,有來自克洛斯貝爾的少女、受宰相威壓的名門少爺、不良少年與因複雜因素遭退學而轉校至此的名門少女,等等。其他也有從利貝爾遠道而來的導力學才女、實力一流的頂尖遊擊士,以及黎恩昔日的「夥伴」們。
由這間聚集著懷抱各自意圖與背景的人們的分校為起點,黎恩等人將在這日漸撩亂的帝國大地上,與結社、共和國、獵兵團等勢力,揭開全新的一幕。