新舊政府交接，相較前總統陳水扁5月19日凌晨12點前才交出公文，且沒有一件是絕對機密。府方表示，馬英九總統將所有機密文件全數依檔案法編號建檔交由新政府，不會帶走任何一件。

2008年確定第二次政黨輪替，陳水扁總統在總統府大量購進碎紙機，且帶走多箱機密文件，在馬辦交接人員催促下，直到最後一刻才交出277件公文，而且沒有一件是絕對機密。

馬政府之後花了2年大普查，才清點出扁執政期間，總統府有3萬6000多件公文不知去向。之後特偵組偵辦扁案，搜查陳水扁辦公室，查扣的58箱公文中，就包括1136件機密公文，688件非機密文件，但多數遺失文件仍不知去向。

「檔案法」在陳水扁任內核定，但直到馬英九總統上任才實施，為了確保重大機密文件不再因為政權輪替而遺失，府方表示，馬英九總統就任後，要求所有公文一律依檔案法規定編號歸檔。新政府在今年3月談交接時，還未能提供閣員名單，因此無法進行實質交接，但在閣員陸續出爐後，不只是總統府，所有部會公文也一律依法歸檔，新政府都能調閱。

府方指出，這些檔案和文件都有保存和建檔，並不隨著人員離去，因此無論是總統還是秘書長都不能帶走，而且不只是總統府，其他行政部會的公文也都一樣。

府方人士強調，這套檔案建置流程已入法，新政府也一樣要遵守，依照法律規定，就得要這樣做，如此一來，就不會再發生機密公文跟著卸任遺失的離譜情形，即使政權輪替，也不怕找不到機密文件。
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